Chip-Seq 是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。
1、确定组蛋白修饰的位置及其与基因表达的关系。 2、完成对转录因子及其它蛋白在基因组上结合位点的精准定位。 3、研究特定的核小体或组蛋白的分布。
ChIP-seq 的技术优势主要体现在: (1) 全基因组覆盖:ChIP-seq 相较于传统的 ChIP 芯片,能够实现全基因组范围的、单碱基水平的蛋白结合位点筛选与鉴定; (2) 高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点; (3) 高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点。
